Tujuan pendidikan menengah adalah meningkatkan kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia, serta keterampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut dengan memiliki keseimbangan sikap, pengetahuan, dan keterampilan yang terpadu dalam kehidupan sehari-hari.
Untuk mencapai VISI tersebut, SMA Negeri 3 Banggai mengembangkan misi sebagai berikut:
Melaksanakan Pembinaan kegiatan ekstra keagamaan yang cukup.
Memiliki pengajar berkemampuan akademisi yang mumpuni.
Melaksanakan pendidikan karakter.
Melaksanakan pembinaan OSN, O2SN, FL2SN, KIR secara sistimatis.
Melaksanakan pengajaran yang berkualitas dalam kerangka KTSP berdasarkan Standar Nasional Pendidikan.
Memiliki akses internal dan eksternal berbasis IT.
Melakukan penataan lingkungan sekolah.